Klaipėdos universiteto ateities paramos fondo valdymo organai – visuotinis dalininkų (steigėjų) susirinkimas, valdyba, reivizorius ir direktorius.
Visuotinas dalininkų susirinkimas yra aukščiausias fondo organas. Jis tvirtina fondo įstatus, valdybą, revizorių, direktorių.
Fondo valdyba atsako už fondo veiklos strategijos ir programos nustatymą. Fondui tiesiogiai vadovauja ir jo vardu veikia fondo direktorius. Jis organizuoja ir vykdo kasdienę veiklą. Fondo vidaus kontrolę vykdo revizorius.
